Le lycée Kunugigaoka abrite la classe 3-E, exclue des montagnes pour étudier et, surtout, assassiner leur professeur, Koro-sensei. En effet, cette étrange créature, ressemblant à un smiley avec des tentacules, avait réussi à percer un trou dans la lune jusqu'à ce qu'elle devienne un croissant ! Il pose alors ses conditions au gouvernement : devenir l'enseignant de la classe 3-E. Pourtant, si dans un délai d'un an aucun de ses élèves ne parvenait à le tuer, la Terre subirait le même sort que la Lune ! « Si une personne réussit, elle recevra la somme astronomique de 10 milliards de yens ! Et c'est ainsi que ce groupe d'étudiants apprend l'art de tuer de diverses manières et commence également à s'attacher à cet étrange professeur.